Archibald Héctor McIndoe fue nieto de un matrimonio escocés que emigró a Nueva Zelanda, estableciéndose en la ciudad de Dunedin , situada en la region de Otago . Su padre falleció a una edad temprana, teniendo la madre que sacar adelante a sus hijos. Archibald se educó en la Otago High School, estudiando Medicina en la Facultad de la Universidad de Otago, aprovechando buena parte de su tiempo libre a jugar al rugby y al cricket.

Ya graduado, su primer trabajo lo tuvo en el Waikato Hospital. En 1924 consiguió una beca para una estancia de 9 meses en la Mayo Clinic (Rochester), que inició en enero de 1925 . Terminada dicha estancia , tuvo la oportunidad de continuar en la Clínica, trabajando el primer año en el mortuorio, haciendo más de 600 autopsias. A continuación se incorporó al Departamento de Patología, destacando por sus hallazgos y publicaciones sobre alteraciones en el hígado y las vías biliares.