Carl Nicoladoni nació en 1847 en Viena, ciudad a la que habían emigrado sus padres, de origen italiano. Decidió estudiar Medicina, graduándose en 1871. Inicialmente mostró un especial interés por la Anatomía , inducido por el profesor Hyrtl. Otro importante maestro suyo fue Rokitanski.

En el año 1872 se incorporó al Hospital ´Allgemeines Krakenhaus´, como médico asistente en el Departamento de Cirugía dirigido por von Dumreicher, cirujano que tuvo mucha influencia en su formación, y al que sustituyó cuando cayó enfermo, hasta que Eduard Albert tomó su lugar definitivamente. Aunque no fue discípulo de Theodor Billroth , dirigente de un segundo Departamento de Cirugía, Nicoladoni siguió con mucho interés sus avances en cirugía gastro-intestinal. En 1876, consiguió ser Docente Privado de Cirugía en Viena.